El SERNAPESCA tiene entre sus funciones la de administrar las Área Marina Protegida (AMP) con categoría de protección de "Reservas Marinas" y "Parques Marinos", las que corresponden a medidas de administración de recursos hidrobiológicos contenidas en la Ley General de Pesca y Acuicultura.

A través de la gestión de estas AMP se busca asegurar la mantención de la biodiversidad marina, incluyendo tanto especies como hábitats, contribuyendo a la mantención o recuperación de recursos hidrobiológicos y por lo tanto de pesquerías.

Además, su creación se enmarca en el contexto de diversos compromisos internacionales que ha asumido el Estado de Chile en materia de protección de la biodiversidad y el desarrollo sustentable.